1.进口原装elisa试剂盒甲基化的影响
从带有dna甲基化酶基因的宿主菌中制备的dna，其碱基的一部分已经被甲基化，因此即便使用能够识别、切断被甲基化部分的序列的限制酶，也几乎无法切断被甲基化的部分。被甲基化的部位，根据底物dna及宿主种类的不同而不同。例如宿主菌为大肠杆菌的情况下，根据宿主的种类有以下两种情况： 在进行转化时，通常使用的菌株为c600、hb101、jm109等，因为都带有dam、dcm甲基化酶，所以使用这些菌株制备的dna时，必须注意。另外，动物由来的dna，cg序列多为5mcg；植物由来的dna，cg及cng序列多为5mcg和5mcng。
2. star活性
限制酶在一些特定条件下使用时，对于底物dna的特异性可能降低。即可以把与原来识别的特定的dna序列不同的碱基序列切断，这个现象叫star活性。star活性出现的频率，根据酶、底物dna、反应条件的不同而不同，可以说几乎所有的限制酶都具有star活性。并且，它们除了识别序列的范围增大之外，还发现了在dna的一条链上加入切口的单链切口活性，所以为了极力抑制star活性，一般情况下，即使会降低反应性能，我们也提倡在低甘油浓度、中性ph、高盐浓度条件下进行反应。
3. 部分分解
如果使用预计的限制酶对底物dna进行作用，而未能*将其切断，其原因除了上述两点和酶失活之外，dna的纯度、反应阻害物的影响、dna的种类等也有关系。进口原装elisa试剂盒特别是由于dna种类不同，它们的大小、切点数也不同，达到*分解时，所需要的酶量也不同，从这些数据中计算出的 [*分解1 μg dna所需要的限制酶预计量] 与 [实际量]，也因限制酶的种类不同而有差别，这些差别被认为是酶同其识别位点周围的结构亲和程度而产生的。例如， 限制酶nae i 在切断pbr322 dna时，就有着非常难以切断的部位。另外，因反应液组成变化 （如添加精脒），也可以使切断顺序发生变化。
4. dna结合物质
限制酶切反应后进行电泳时，有时会发生电泳带无法确认、电泳带扩散、电泳带移动距离异常等问题，这是由于酶蛋白自身或其它杂蛋白与dna结合在一起，使dna没有进入电泳凝胶中，或dna难以被溴乙锭染色而造成的。发生这些现象时，在试样中加入一些蛋白质变性剂 （如sds，终浓度0.1%左右），便可改善电泳效果。
5. 其它
限制酶的保质期一般是在检定日以后的三年内，但几乎所有的限制酶在超过保质期后都不会急剧失活，因此购入后即使是经过长时间保存的酶，也*可以使用，但这些酶在使用前再测一次活性。另外，进口原装elisa试剂盒保存酶时即便让其冻结，大部分酶也不会急剧失活。