一般来说，杀菌锅设备是采用两种方法来对产品进行杀菌操作的，分别是热水循环杀菌与高温蒸汽杀菌。
使用高温蒸汽来对杀菌锅内的产品进行杀菌操作，其会因为空气具有较差的导热性能，从而会导致设备内拥有较不均匀的杀菌温度，并可能会导致产品出现不良杀菌等状况产生。
而采用热水循环来进行杀菌，则需要将在设备内注入水，并对水进行加热，使其可以达到能够对产品进行杀菌的温度。设备还具有较平均的热分布，并且其还需要对不同的产品使用不同的杀菌时间。
使用热水循环来进行杀菌，其较适合对一些能够高密度进行堆积的食品进行杀菌。其通过将设备内部所使用的杀菌水加热至可以对产品进行杀菌的温度，从而进行杀菌操作。并且其还可以杀菌水进行保存保温，使得其能够对降低能耗。
设备内的高温水一般会在两分钟左右进行一次循环，这样可以有效的使得设备内具有相对较均匀的温度，并且较不容易产生死角。
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