对于加工中心主轴的整体冷却，通常有液体冷却和空气强制冷却两种方式。
(1)液体冷却是指在电主轴的内部设计冷却水循环，在外部配备相应的冷却机,使冷却液体在主轴内部循环带走内部热量。这种冷却方式的优点设计简单可靠,冷却效果较为明显，缺点是对主轴轴芯的冷却效果比较差,冷却机的成本比较高。
(2)空气强制冷却是指在电主轴的壳体与电机定子之间设计一个强制对流的通道,电机的发热量通过热传导进入到强制对流区,最后把热量带入空气中,实现电主轴的恒温工作。空气强制冷却具有无污染的特点。如果使用静压气体轴承，可以利用静压气体轴承的气体在主轴内部循环带走一部分电机的热量。
加工中心主轴根据应用场合的不同大致可以分为8大类：磨削用、铣削用、车削用、拉碾用、钻削用、加工中心用、机械主轴(不含内置电机)皮带传动主轴、特种旋转试验主轴等。一般用户常用的有磨削用、铣削用、车削用、加工中心用、机械主轴(不含内置电机)皮带传动主轴几类。
在选择加工中心主轴时，一定要关注你的应用场合，不同的应用场合的接口是不同的，另外一定要弄清楚你的功率要求，以及在此功率下对应的转速，这一点很关键，因为同样是1kw，在1000转和10000转的要求下电主轴的外形尺寸是相差很多的，所以工况一定要准确。另一个提醒，刀具的接口一定要明确，这也是有原则的，一般情况下bt50的接口转速只能在8000rpm一下的电主轴中使用，bt40的接口可以在18000rpm下的电主轴中使用，如果要更高的转速，刀具接口需要选择相应的hsk等高速刀具接口，数控铣削电主轴上配用的er弹簧夹头或者sd弹簧夹头也是有一定的许用最高转速的。