黄连中主要含有小檗碱型生物碱，已经分离出来的生物碱有小檗碱、巴马汀、黄连碱、甲基黄连碱、药根碱、木兰花碱等，其中小檗碱含量zui高，可达10%，这些生物碱除了木兰花碱为阿朴菲外，均为原小檗碱型生物碱，又都是季铵型生物碱，酸性成分有阿魏酸、绿原酸等。
利用快速溶剂萃取技术结构超液相色谱光电二极管方法对黄连提取物中三种主要的生物碱：黄连素、巴马汀和药根碱进行了定量分析。同时还利用了uplc-esi-ms/ms方法对这三种生物碱进行了定量分析，对黄连药材的uplc指纹图谱研究及黄连生物碱代谢研究具有重要意义。
测定时样品用乙醇提取，浓缩定容，经超液相色谱串联质谱测定。外标法定量。