一、开除员工的合法程序有哪些
开除员工的合法程序是据合法有效的公示过的规章制度，且有证据证明劳动者严重违反规章制度。
1.认定员工严重违纪，必须依据合法有效的规章制度，合法有效的规章制度是用人单位辞退违纪员工的重要依据。
最高人民法院关于审理案件适用法律若干问题的解释第19条明确规定，用人单位通过合法程序制定的规章制度，不违反国家法律规定，行政法规以及政策性规定，并已经向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。
2.规章制度只有公示过才能对员工产生法律效力。
如果用人单位没有证据证明规章制度已经公示或者向劳动者告知的话，该规章制度不能作为辞退劳动者的依据。
3.必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。
如果单位没有注意搜集保存能够证明劳动者严重违反规章制度的证据，就算是劳动者真的严重违纪，但是在劳动争议中用人单位举不出来证据，就要败诉，法律讲究的是证据。
二、违法开除员工该怎么赔偿呢
友情提醒，违法开除员工的，用人单位需要按照经济补偿金的二倍向劳动者支付赔偿金。
一般而言，用人单位辞退员工的，就属于违法解除劳动合同，要应按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金，即按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付二个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算。
根据《劳动合同法》第四十七条规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、开除和辞退有什么区别
开除和辞退的区别如下：
1.类别、审批时效不同。开除是属于行政处分，而且是最严厉的一种处分；辞退属于行政处理，不属行政处分之列；
2.适用对象及其条件不同。开除处分适用于严重违法乱纪的职工；辞退仅适用于无正当理由经常旷工，经教育不改，连续旷工时间超过15天的职工；
3.性质不一样。辞退是用人单位解雇职工的一种行为，是用人单位由于某种原因与职工解除劳动关系的一种强制措施。开除是一种行政处分形式，开除是用人单位对具有严重违反劳动纪律和企业规章制度，造成重大经济损失和其他违法乱纪行为而又屡教不改的职工，依法强制解除劳动关系的一种最高行政处分。