方法一
通过information_schema.processlist表中的连接信息生成需要处理掉的mysql连接的语句临时文件，然后执行临时文件中生成的指令。
代码如下:
mysql> select concat('kill ',id,';') from information_schema.processlist where user='root';
+------------------------+
| concat('kill ',id,';') |
+------------------------+
| kill 3101;             |
| kill 2946;             |
+------------------------+
2 rows in set (0.00 sec)
mysql>select concat('kill ',id,';') from information_schema.processlist where user='root' into outfile '/tmp/a.txt';
query ok, 2 rows affected (0.00 sec)
mysql>source /tmp/a.txt;
query ok, 0 rows affected (0.00 sec)
方法二
杀掉当前所有的mysql连接
代码如下:
mysqladmin -uroot -p processlist|awk -f | '{print $2}'|xargs -n 1 mysqladmin -uroot -p kill
杀掉指定用户运行的连接，这里为mike
代码如下:
mysqladmin -uroot -p processlist|awk -f | '{if($3 == mike)print $2}'|xargs -n 1 mysqladmin -uroot -p kill
方法三
通过shel脚本实现
代码如下:
#杀掉锁定的mysql连接
for id in `mysqladmin processlist|grep -i locked|awk '{print $1}'`
do
   mysqladmin kill ${id}
done
方法四
通过maatkit工具集中提供的mk-kill命令进行
代码如下:
#杀掉超过60秒的sql
mk-kill -busy-time 60 -kill
#如果你想先不杀，先看看有哪些sql运行超过60秒
mk-kill -busy-time 60 -print
#如果你想杀掉，同时输出杀掉了哪些进程
mk-kill -busy-time 60 -print –kill
mk-kill更多用法可参考：
http://www.maatkit.org/doc/mk-kill.html