手动三坐标测量机是三坐标的一种，运行者在使用手动三坐标时用手握住主轴使其沿着 x 、y 、z 轴移动。测量时，需注意探头与工件间测量压力、及探头移动因加速度所造成轴产生弯曲导致测量误差。
自动三坐标测量机是（英文cnc）三坐标的一种，cnc式三坐标测量机除了具有马达驱动式的功能之外，还可自动依照计算机所预先设定的程序执行测量，甚至有些厂商出品的三坐标测量机，也提供了自动装拆工件。cnc式三坐标测量机除提供尺寸测量 ( 点到点的测量 ) 外，也可作曲面的轮廓测量 ( 点到点的测量及扫瞄测量 )。
手动三坐标测量机与自动三坐标测量机主要有以下几种差别：
一，手动三坐标测量机与自动三坐标测量机在量程上的区别：由于手动三坐标测量机没有操控切换器，不方便运行，三坐标测量机厂家一般只有 500*600*400mm 和700*1000*600mm 两个量程的手动三坐标测量机，型号比较单一。 自动三坐标测量机则型号比较灵活多样，564型的，686型的，800mm 量程的，1200mm量程的，1.5米以上量程的，3米量程的，5米量程的等等。
二，手动三坐标测量机与自动三坐标测量机在配置上的区别：一般手动三坐标机没有配备运动操控切换器，测量软件包也是相对简单的三坐标软件测量切换器。 自动三坐标测量机一般配以国际品牌高性能三坐标专用操控切换器，以及具有水平的具有自主知识产权的 ac—dmis 测量软件包，功能**多样。
三，手动三坐标测量机与自动三坐标测量机在测量准确度上的区别：手动三坐标测量机的测量准确度远低于自动三坐标测量机的检测准确度。手动三坐标测量机由于是纯手动运行，所以随机误差远远大于自动三坐标测量机。
四，手动三坐标测量机与自动三坐标测量机在检测效率上的区别：自动三坐标测量机能为使用者提供更快速和正确的尺寸检验，并且可将检测产品零件设计的数据库输入到计算机操控的三坐标测量机编辑成检验程序。