毕业协议书的签订程序是毕业生本人填写毕业就业协议书后交给用人单位签署意见并加盖单位公章，毕业生将协议书交至协议签署意见并盖公章，毕业就业协议书不能随便找公司盖章。
一、毕业协议书的签订程序
毕业协议书的签订程序：
1.毕业生本人填写就业协议书内本人填写的内容；
2.毕业生转交给用人单位，用人单位签署意见并加盖单位公章；
3.用人单位或毕业生本人将就业协议书交至学校，签署意见并加盖公章；
4.就业协议书分为四份，毕业生、用人单位各留一份，学校留两份。
二、毕业就业协议书能不能随便找个公司盖章
不能。就业协议是应届毕业生在找到正式工作时，你与学校、就业单位签订的三方协议。这关系着毕业时你的人事档案和派遣证的去向问题，对自己至关重要，要对就业协议注重起来。如果毕业后就职具有人事权的国家行政事业单位，大型国有企业，通过调函将户口和档案会转到企业单位；如果毕业后就职私营企业，个体企业，外资企业等，则档案和户口将挂靠在其挂钩的人才交流中心；毕业后没有立即就业或分配的毕业生，超过规定时间，学校也会将其档案转到相应的毕业生就业指导中心。
三、三方协议就是毕业就业协议吗
三方协议不同于就业协议，不同之处如下：
1.三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。协议在毕业生到单位报到(凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》)、用人单位正式接收后自行终止。
2.就业协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，是普通高等学校毕业生和用人单位在正式确立劳动人事关系前，经双向选择，在规定期限内确立就业关系、明确双方权利和义务而达成的书面协议，是用人单位确认毕业生相关信息真实可靠以及接收毕业生的重要凭据，也是高校进行毕业生就业管理、编制就业方案以及毕业生办理就业落户手续等有关事项的重要依据。