一、医疗纠纷协议如何签订的
根据《医疗事故处理条例》第四十七条规定，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
第四十六条规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。以上是对这个问题的解答。
二、医疗纠纷的调解归哪个部门
医疗纠纷可以请求卫生行政部门进行调解。医疗民事纠纷与其他民事纠纷一样，属于平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷，是民法的调整范畴。根据“私法自治”的原则，通常情况下，国家不予干预，因此，双方当事人可以就医疗纠纷进行协商，也可以进行民间调解和行政调解。
三、医疗纠纷的诉讼时效
医疗纠纷的诉讼时效是三年，法律另有规定的，依照其规定。
根据《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。