一、实验原理
一种研究dna结合蛋白和其相关的dna结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。这一技术初用于研究dna结合蛋白，目前已用于研究rna结合蛋白和特定的rna序列的相互作用。
通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32p同位素标记的dna或rna探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。dna-复合物或rna-复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。当检测 如转录调控因子一类的dna结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。
在检测rna结合蛋白时，依据目的rna结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的dna或rn片段和寡核苷酸片段（特异）， 和其它非相关的片段（非特异），来确定dna或rna结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。
二、凝胶迁移或电泳迁移率实验（emsa）可以：
1.研究dna结合蛋白和其相关的dna结合序列相互作用；
2.可用于dna定性和定量分析；
3.用于研究rna结合蛋白和特定的rna序列的相互作用。