失踪满两年是可以自动解除婚姻关系，需要向法院提起离婚诉讼。婚姻登记机关不能撤销婚姻关系的，只能由法院作出撤销婚姻，撤销的情形有未达到法定婚龄的、重婚等条件。
一、失踪多久可以自动解除婚姻关系
失踪满二年的可以自动解除婚姻关系，向人民法院提起诉讼离婚。
《民法典》第四十条规定，自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。
第四十六条规定，自然人有下列情形之一的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人死亡：
（一）下落不明满四年；
（二）因意外事件，下落不明满二年。
因意外事件下落不明，经有关机关证明该自然人不可能生存的，申请宣告死亡不受二年时间的限制。
第五十一规定，被宣告死亡的人的婚姻关系，自死亡宣告之日起消除。死亡宣告被撤销的，婚姻关系自撤销死亡宣告之日起自行恢复。但是，其配偶再婚或者向婚姻登记机关书面声明不愿意恢复的除外。
第一千零七十九条第三款规定，一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
二、婚姻登记机关能撤销婚姻关系吗
婚姻登记机关是不可以撤销婚姻关系的。我国能撤销婚姻的机关只有人民法院。且撤销的情形包括，双方或一方未达法定结婚年龄、有禁止结婚的亲属关系、重婚等。
《中华人民共和国民法典》第一千零五十一条有下列情形之一的，婚姻无效：
（一）重婚；
（二）有禁止结婚的亲属关系；
（三）未到法定婚龄。
三、婚姻关系解除的保证有效吗
婚姻关系解除的保证一般是不具有法律效力的。因为我国法律中，即使夫妻双方中的过错方违背了婚内保证书上的允诺，并不意味着双方夫妻关系解除，除非双方自愿离婚。对婚姻的保护力度很大，即使去法院起诉离婚，法院也要审查事实，符合离婚条件才准予离婚。