蛋白酶k在原位杂交技术中通常用于杂交前的处理，它具有消化包围靶dna蛋白质的作用，以增加探针与靶核酸结合的机会，提高杂交信号.但蛋白酶k的浓度过高、消化时间过长或孵育温度过高时，都会对细胞的结构有一定的破坏，导致组织切片的脱落，细胞核?的消失，从而影响杂交结果。edta缓冲液可以替代蛋白酶k的作用，解决上述出现的问题，并能达到理想的染色效果
蛋白酶k保存在-20℃冰箱里，避免反复冻融，有效保证12月。孵育温度为55至65℃，理想孵育温度为58℃，孵育时间为15分钟至48小时;理想孵育时间为2小时。
蛋白酶k已广泛应用在皮革、毛皮、丝绸、医药、食品、酿造等方面。皮革工业的脱毛和软化已大量利用蛋白酶，既节省时间，又改善劳动卫生条件。蛋白酶还可用于蚕丝脱胶、肉类嫩化、酒类澄清。临床上可作药用，如用胃蛋白酶治疗消化不良，用酸性蛋白酶治疗支气管炎，用弹性蛋白酶治疗脉管炎以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶对外科化脓性创口的净化及胸腔间浆膜粘连的治疗。