水体磷的污染主要来源于下述几个途径：人体（粪便）排磷、含磷洗衣粉排磷、畜禽排磷、农业（化肥流失）、工业（污染）排磷、及水产养殖排磷等。
生物法除磷是利用微生物在好氧条件下对污水中溶解性磷酸盐的过量吸收作用然后沉淀分离而除磷。含有过量磷的污泥部分以剩余污泥的形式排出系统，大部分和污水一起进入厌氧状态，此时污水中的有机物在厌氧发酵的作用下转化为乙酸苷；而活性污泥中硝磷堕在厌氧的不利状态下，将体内机具的聚磷分解，分解产生的能量部分共聚磷菌生存，另一部分能量供聚磷菌主动吸收乙酸苷转化为phb的形态储藏与体内。聚磷分解形成的无机磷释放回污水中，这就是厌氧放磷。进入好氧状态后，聚磷菌将储存于体内的phb进行好氧分解并释放大量能量供聚磷菌增值，部分供其主动吸收污水中磷酸盐，以聚磷的形式积聚于体内，这就是好氧吸磷。由于活性污泥在运行中不断增值，俄日了系统的稳定运行，必须从系统中排除和增殖量相当的活性污泥，也就是剩余污泥。剩余污泥中包含过量吸收磷的聚磷菌，也就是从污水中去除的含磷物质。这就是厌氧和好氧交替的生物处理系统除磷的本质。