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Rubicon PicoPLEX 低深度测序法检测单细胞CNV

参考文献:
低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用探索
陈大洋1 甄贺富2 刘萍2 邱咏2 谢林2 刘弘泰1 陈芳2
(1. *大学华大教育中心,深圳 518083 ;2. 深圳华大基因研究院,深圳 518083)生物技术通报 biotechnology bulletin 2016, 32(12):58-64
生物技术通报影响力:双核心期刊[(2017年中国科技核心期刊目录)][中国科学引文数据库来源期刊列表(2017—2018 年度)]
文章介绍测序目的:低深度测序在检测单细胞 cnv方面的可行性。
单细胞测序对象:经过比较基因组杂交(array cgh,acgh)检测的5例阳性细胞系
单细胞全基因组扩增方法:rubicon genomics 公司的 picoplex® wga kit和另一种商业试剂盒。
单细胞测序深度:数据量为 0.1 x
测序结果:rubicon 试剂盒具有较好的均匀性。
分析原因:rubicon 试剂盒先以原始基因组为模板进行复制,经过 12 次循环后,再以扩增产物为模板进行扩增可有效降低扩增误差,增加保真性。
原文摘要:旨在探讨低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用。以经过比较基因组杂交(array cgh,acgh)检测的5例阳性细胞系为研究对象,从中分离的单细胞分别用两种单细胞扩增试剂盒进行扩增,采用hiseq2000测序平台进行全基因组测序,然后进行生物信息学分析,将检测结果与已被 acgh 证实的结果进行比较。结果显示,5 个单细胞的全基因组扩增成功,通过低深度测序均获得明确的检测结果。在用 genomeplex® single cell wga kit 试剂盒的处理中检出区域与 acgh 检测区域均有 80% 以上的重叠,1 个样本检出了 8 mb(megabase)左右的假阳性 ;在用 picoplex® wga kit 试剂盒处理时检出信号与 acgh 区域也有 80%以上的重叠且无假阳性信号产生。证实在数据量为 0.1 x 左右时可以检出单细胞染色体上 7 mb 以上的拷贝数变异。
picoplex® wga kit单细胞全基因组扩增试剂盒介绍picoplex wga kit被ivf行业供应商如bluegnome信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(pgs/pgd)。
英文名称:rubicon picoplex wga kit
中文名称:rubicon picoplex单细胞全基因组扩增试剂盒
品牌:rubicon genomics
货号:r30050或rb3050(takara版)
用途:卵裂球和滋养外胚层细胞的植入前基因筛查(pgs)和需要单细胞扩增的循环肿瘤细胞(ctc)中的cnv检测。
从单细胞中扩增dna构建高重复性的文库现在成为可能!picoplex wga kit采用技术,设计、优化用于从单细胞中扩增单拷贝基因组dna。便捷的单管操作流程减少了手动操作的失误,缩短了获得结果的时间并降低背景。picoplex wga kit同样也可用于6 pg至50 pg的纯化gdna,并兼容微阵列比较基因组杂交(array cgh)分析及pcr。
picoplex技术概要
picoplex全基因组扩增技术具有高稳定性和可再现性,已经成为pgs的标准扩增技术。
技术要点:利用随机引物引发线性扩增进行全基因组扩增。即先以原始基因组为模板进行复制,经过多次循环后,再以扩增产物为模板进行扩增可有效降低扩增误差,增加保真性。
名词解释:
拷贝数变异(copy number variations,cnvs):cnv 是 指 与 参 照 基 因 组 比 较,1
kb-1 mb 的 dna 片段的缺失、插入、重复、倒位和复杂多位点的变异。
华雅旗下红荣微再主营医疗核酸保存文库扩增等产品,*代理(上海)rubicon genomics单细胞文库扩增试剂。
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