在正式进行潜水作业前，可派经验丰富的潜水员对作业区域进行水下环境初查，事先了解作业区域的情况，查清有无可能造成潜水作业不安全的障碍和隐患，查清水质能见度，确定潜水员出入水路线。进入施工区域内，做好一切施工准备。水下施工前，测量水下施工部位的流速，流速低于0. 5m/s时，潜水员可正常下水，在保证安全的前提下进行作业。
先对闸门槽淤泥、海生物以外的建筑垃圾等杂物进行人工清理，潜水员将杂物清理至吊笼或编织袋内，若存在超大型木头、混凝土块等，可直接用钢丝绳将物体捆绑，再由业主起重设备配合提出水面卸载，运至业主位置弃渣。
起吊杂物时，水下及陆上相关人员须远离杂物下方，以保证作业安全。然后，潜水员用铁铲等工具对门槽表面附着海生物及浮泥进行清理，或者用水泵直接对海生物进行冲洗，清理掉的杂物人工收集到一起，装至笼或编织袋内，再由起重设备拉出水面卸载。