由于毛细管色谱柱柱效很高，对一般的样品备用三种性的柱子就能解决大部分问题，但对同分异构体要严格选用毛细管色谱柱。
*色谱柱的选择
按样品性选择:
弱性样品，可选ov-1，se-30，ov-101，se-52，se-54。
中性样品，可选ov-17，ov-1701，xe-60，ov-225，ov-210。
性样品，可选peg-20m,ffap,ov-275,degs。
按酸碱性选择:
碱性样品：弱碱性可选ov-1，se-30等； 强碱性可选碱性pegb
酸性样品：ffap
按沸点选择:
高沸点物质可选ov-1，se-30，se-54等交联柱，薄液膜
*毛细管内径的选择
成品分析：小口径 0.25mm，0.32mm ，薄液膜
痕量组分分析：大口径，厚液膜，0.53mm
*汽化温度 比样品沸点高20～30℃
*柱温 在样品沸点的0.7倍处，再看分离情况调整。
*检测温度 》柱温 ；》 120℃（fid）
*分流比 小口径》100:1 ；大口径10～50:1或不分流进样（用接头）
*尾吹：15～30ml/分（满足fid要求）； 隔膜清扫气：1～5ml/分
*进样量：0.3～0.5μl
* 定性与定量
定性与填充柱色谱一样，或gc/ms
定量 一般用归一法或内标法定量