总公司跟分公司的区别在于法人是否具有独立性的不同、经营所得的不同、债务是否能独立承担的不同以及内部职能部门的不同。总公司法人和分公司法人可以是同一个人。
一、总公司跟分公司的区别
总公司跟分公司的区别在于：
1.分公司不是独立的法人，总公司是独立的法人。分公司是法人的派出机构，不能独立地享受权利和承担义务。
2.分公司经营所得属于总公司，而不属于分公司自有。
3.分公司对外所欠债务和法律责任也归属于总公司，不能自行独立承担责任，所发生的债权债务风险应当由总公司承担。
4.分公司可以在总公司的授权范围内以自已的名义开展业务活动，或代表公司进行诉讼。这是分公司和总公司内部职能部门的区别。
二、总公司法人跟分公司法人是不是为一个人
分公司法人代表和总公司的法人代表可以是一个。分公司不是独立的法人单位，只是一个有执照的分支机构，分公司没有法定代表人，那个叫“负责人”，在分公司执照上的负责人可以与总公司的法定代表人不同，也可以相同。总公司才有法人资格，才有法定代表人，分公司不具有法人资格，没有法定代表人，只有负责人，负责人可以是总公司法定代表人。风险是不可预料的。
三、总公司与分公司可以互开发票吗
分公司和总公司互相开票是可以的，分公司和子公司不同，分公司是独立的增值税纳税主体，分公司为总公司或其他分公司提供了服务或销售了产品，应当正常申报纳税并向对方开具发票，但这并不意味着可以乱开票，基础依然是业务。不过友情提醒也要注意以下两点：
1. 分公司和总公司之间的业务必须真实，不真实的业务，开票就变成了虚开。而由于分公司和总公司是强关联关系，税务机关会关注这个业务真实性背后的合理性，比如价格的约定、双方利润空间的设定等。
2. 分公司和总公司双方除了开具发票，一定要有完整的证据链证明业务的真实合理，必要的合同、付款、发票及其他相关证据一定要保存好。