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高品质血浆来源cell free DNA NGS文库构建试剂

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thruplex®plasma-seq kit
·专为cfdna设计:经过优化的修复及连接试剂
·高品质ngs文库:在宽广的gc含量范围内,可以达到高检测再现性
·起始量范围广:<1 ng到30 ng cfdna量
·快速简便:无需纯化或样品转移的单管、2小时、3步操作步骤
·应用领域:液态活检、ctdna、目标区域测序等领域文库构建
·兼容自动化平台:beckman®fxpworkstation
■ 产品说明:
thruplex®plasma-seq基于thruplex技术,并用于血浆来源cfdna高品质ngs文库构建。
该试剂专门针对cfdna进行优化,在保持样本gc代表性的基础上,提升了文库的信息容量。文库构建后可用于cnv分析、全基因组测序分析或是采用一些panel针对目标区域进行捕获富集后的dna分析,如agilent sureselect®and roche nimblegen seqcap®ez。
血浆样品采用thruplex plasma-seq试剂盒制备文库,能有更好的灵敏度、更准确的基因变异分析结果。与其它液态活检的样品一样,血浆由于其易获得、价值高的特点,深受研究肿瘤学或者孕妇血浆中胎儿游离dna科研工作者的重视。
图1. thruplex®技术概要。thruplex plasma-seq kit技术3步反应即可完成针对cell free dna的建库工作。1~30 ng含量的cf dna首先高效的进行末端修复。通过采用茎环形接头(无单链尾巴)进行高效平端连接,降低了背景。封闭的5’端阻止了接头-接头二聚体形成。随后未使用的接头被降解,进一步降低背景。高保真度扩增的方式完成以上反应,并获得含有illumina index的文库。
(*图片来源于takara bio usa,inc.)
图2. 高cfdna文库多样性、更少的unmapped reads。thruplex plasma-seq kit构建的文库,具有高的多样性和低的duplicates和unmapped reads。图中表示cfdna分别提取于3份血浆样品,文库定量采用qubit荧光定量。bioanalyzer测定mononucleosomal dna在各样品的量分别为0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。pooled libraries采用illumina nextseq 500 paired end模式测序,且每个文库产生17 m到25 m reads。每个文库在down-sampling数据至17 m reads以后,计算duplication rates。
(*图片来源于takara bio usa,inc.)
图3. 优异的靶向测序文库构建能力。图中所示thruplex plasma-seq kit构建的文库通过panel进行高效捕获,对kinome进行深度测序分析以检测突变。3个血浆样品分别起始建库量为5 ng、6.5 ng、10 ng,三次重复。目标区域采用sureselectxt2的clearseq human dna kinome panel进行捕获,并用illumina miseq平台进行测序,平均每个文库获得5 m reads,目标碱基被成功捕获分析。
(*图片来源于takara bio usa,inc.)
图4. 高重复性的、无偏倚的gc覆盖度。针对人类基因组,thruplex plasma-seq kit表现出高再现性、低偏倚gc覆盖度ngs文库构建能力。9次独立的血浆样品文库构建的实验结果表明,thruplex重复性高于其它产品。文库的制备是利用的1 ml血浆来源cfdna,后续采用illumina nextseq 500进行测序。作为对比,a公司试剂构建了4份独立血浆样品的文库。
(*图片来源于takara bio usa,inc.)
图5. karolinska协会和cruk测试的结果。5 ng游离cf dna采用thruplex plasma seq kit进行illumina文库构建。结果表明利用hiseq平台进行的low-pass wgs,每个文库能获得接近12.5 m reads。
订购信息:
品牌 货号 产品名称 产品规格
takara r400490 thruplex plasma-seq 12s kit 12 rxns
takara r400491 thruplex plasma-seq 48s kit 48 rxns
takara r400492 thruplex plasma-seq 96d kit 96 rxns
takara r400584 thruplex tag-seq 6s(12)kit 12 rxns
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