犯罪违法所得的收益的处理措施是由公安机关妥善进行保管。犯罪嫌疑人的违法所得认定是看行为人是否通过法律禁止的手段获得利益，对于违法所得的财产一般会作没收处理。
一、犯罪违法所得的收益怎么处理
犯罪违法所得的收益由公安机关妥善保管，以供核查处理。
《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百三十条
对查封、扣押的财物及其孳息、文件，公安机关应当妥善保管，以供核查。任何单位和个人不得使用、调换、损毁或者自行处理。对容易腐烂变质及其他不易保管的财物，可以根据具体情况，经县级以上公安机关负责人批准，在拍照或者录像后委托有关部门变卖、拍卖，变卖、拍卖的价款暂予保存，待诉讼终结后一并处理。对违禁品，应当依照国家有关规定处理；对于需要作为证据使用的，应当在诉讼终结后处理。
二、犯罪嫌疑人违法所得怎么认定
行为人通过法律禁止的手段获取的即可认定为违法所得。违法所得没收由人民法院依法执行。人民检察院向人民法院提出没收违法所得的申请，应当制作没收违法所得申请书。对于没收违法所得的申请，人民法院应当在三十日内审查完毕。
《刑事诉讼法》第三百条
人民法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收；对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。对于人民法院依照前款规定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人或者人民检察院可以提出上诉、抗诉。
三、违法所得是否扣除成本
违法所得会扣除成本。对于“违法所得”认定，一般情况采取经营收入的“全部说”，因此成本与营利都会予以扣除。违法所得，是指行为人从事违反国家法律、法规规定的活动，即实施了国家法律、法规禁止的行为，或未履行法定义务所获得的利益。