半制备/制备型液相色谱柱的系统由储液器、泵、进样器、色谱柱、检测器、记录仪等几部分组成。储液器中的流动相被高压泵打入系统,样品溶液经进样器进入流动相,被流动相载入色谱柱(固定相) 内, 由于样品溶液中的各组分在两相中具有不同的分配系数, 在两相中作相对运动时, 经过反复多次的吸附- 解吸的分配过程, 各组分在移动速度上产生较大的差别, 被分离成单个组分依次从柱内流出, 通过检测器时, 样品浓度被转换成电信号传送到记录仪,数据以图谱形式打印出来。
半制备/制备型液相色谱柱柱接头采用低死体积结构，柱接头是两端螺纹组件，一端是为7/16英寸内螺纹，另一端是3/16英寸的内螺纹(国内外已规范化)。7/16英寸内螺纹与1/4英寸柱管(φ6.35mm)连接，中间放置压环用于密封。3/16英寸的内螺纹与1/16英寸(φ1.57mm)的连接管连接，中间也放置压环用于柱接头的密封。为了尽量减少柱外死体积，在安装色谱柱时，用φ1.57mm连接管通过空心螺钉压环后要尽量插到底，然后再拧紧空心螺钉。压环被空心螺钉挤压变形后紧箍在连接管上(连接管通过压环后露出的管长度应严格控制在2.5mm长或其他固定尺寸)。
在两端柱接头内，柱管两端各放置一片不锈钢滤片(或滤网)，用于封堵柱填料不被流动相冲出柱外而流失。空柱各组件均为316l不锈钢材质，能耐受一般的溶剂作用。但由于含氯化物的溶剂对其有一定的腐蚀性，故使用时要注意，柱及连接管内不能长时间存留此类溶剂，以避免腐蚀。
半制备/制备型液相色谱柱的常见故障排除：
1、柱压过高
可能是微粒堵塞. 柱床膨胀，不可逆吸附， 细菌生长等造成的。也有可能是系统反压问题， 例如阻尼器堵塞，进样器堵塞， 管路或连接口堵塞. 在线过滤器不干净， 压力传感器不准确等。
2、柱效低
可能是色谱柱被污染、 过滤片部分堵塞、色谱柱内的死体积造成，例如流动相p h值或者组成不合适造成固定相损失。 流动相急剧变化造成固定相物理损坏， 机械振动造成固定相产生裂缝，柱床收缩或干枯。
也有可能是仪器连接的问题， 认真检查进样器、检测器、 管路、 保护柱和在线过滤器等是否连接好，也可能是色谱柱没有平衡好， 进样量过大等问题。
3、重复性差、不出峰、回收率低
可能是色谱柱被污染， 流动相 p h值或者组成不合适造成固定相损失 ， 样 品溶剂 不同或样品本身不稳定， 固定 相极性过强或者流动相极性过弱. 或者发生非特异性吸附。也可能梯度实验时平衡时间不足，温度波动， 流动相组成改变， 样品溶剂不同， 样品稳定性不好，方法的开发不好， 缓冲液的酸碱度不合适或者缓冲能力不足。