一、机械法1.匀浆器：先将剪碎的组织置于管中，再套入研杆来回研磨，上下移动，即可将细胞研碎。此法细胞破碎程度比高速组织捣碎机为高，适用于量少和动物脏器组织。较易造成堵塞的团状或丝状真菌，较小的革兰氏阳性首以及有些亚细胞器，质地坚硬，易损伤匀浆阀，也不适合用该法处理。
2.组织捣碎：一般用于动物组织、植物肉质种子、柔嫩的叶芽等。由于旋转刀片的机械切力很大,制备一些较大分子如核酸则很少使用。
3.研钵：多用于细菌或其他坚硬植物材料，研磨时常加入少量石英砂，玻璃粉或其他研磨剂，以提高研磨效果。
二、化学及生物化学法
1.自溶法：在一定ph和适当的温度下，利用组织细胞内自身的酶系统将细胞破碎的方法。此过程需较长时间，常用少量防腐剂如甲苯等防止细胞的污染。
2.化学渗透法：某些有机溶剂（如苯、甲苯）、抗生素、表面活性剂、金属螯合剂、变性剂等化学药品都可以改变细胞壁或膜的通透性从而使内合物有选择地渗透出来。
3.酶溶法：利用各种水解酶，如*、纤维素酶、蜗牛酶、半纤维素酶、脂酶等，将细胞壁分解，使细胞内含物释放出来。
三、物理法
1.反复冻溶法：将待破碎的细胞在-20度以下冰冻，室温融解，反复几次，由于细胞内冰粒形成和剩余细胞液的盐浓度增高引起溶胀，使细胞结构破碎。
2.急热骤冷法：将材料投入沸水中，维持85-90分钟，至水浴中急速冷却，此法可用于细菌及病毒材料。