杀菌锅设备最主要的杀菌方式有两种，其分别为热水循环杀菌以及蒸汽式杀菌。这两种杀菌方式能够有效的对产品进行杀菌。
热水循环式杀菌是通过对杀菌锅中注入热水，并使其能够达到杀菌的温度以及热水可以在设备内部进行循环流动，然后再根据不同的产品使用不同的杀菌时间的杀菌方式。其更加的适合对食品进行杀菌操作。
蒸汽式杀菌则是指通过对杀菌锅设备内填充高温蒸汽来进行杀菌操作，但这种杀菌方式会因为空气所拥有的导热性不良从而会使得杀菌锅设备内部温度不均匀，造成产品杀菌不良的现象。
杀菌锅使用热水循环杀菌操作比较适合对一些累积的较为密集的食品进行杀菌。其通过将设备内部的水加热至能够进行杀菌的温度来进行杀菌，拥有较快的加热速度，从而提高食品质量。
杀菌锅内的热水会在两分钟左右就进行一次循环，从而能够使得设备内部各点上的温度变化的相对均匀，不易会产生死角。而且杀菌锅的锅门采用的是充气式硅橡胶密封圈，使得其能够拥有较为稳定的密封性能，而且还拥有较长的使用寿命，不发生突发状况时一般能够使用三年后进行更换。
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