单细胞基因组具有安全便捷的优点 单细胞基因组可以揭示出每个细胞*的微妙变化，甚至可以揭示全新的细胞类型。单细胞测序技术可谓是科技发展*的一大创举，它*地推进了基因组学领域，使不同细胞类型得以精细区分，使得科学家们在单细胞水平进行分子机制研究成为可能。
单细胞基因组显微操作技术提供了获得少量细胞的替代方法，我们可以通过直接特定位置摘取单个细胞进行测序，但是这种方法依赖于人工操作，无法实现高通量进行。在多细胞生物体中，由于细胞存在着有丝分裂，在传代过程中dna复制存在着各种各样的突变，这些突变通过积累终可以导致癌症等多种疾病的方法，在生殖细胞发育过程中，也可以看到不同种基因组突变，包括替换、插入和删除、拷贝数变异、染色体结构重组等。
现阶段，科学家们已经开始以单细胞分辨率组合多层信息。这些“多组学”技术可以更仔细地观察细胞之间的可变性，更清楚地识别特定细胞及其功能。分析基因组dna揭示了单细胞基因组，甲基化组织或染色质，而分析rna和蛋白质则能分别产生转录组和蛋白质组数据。
传统的遗传分析手段需要活的微生物，不仅如此，通常还需实验室培养富集到一定数量，比如数十亿个细胞，才能用于dna研究。然而，大部分微生物的生存条件实验室都难以复制，对于地球大部分生命和遗传多样性研究来说，传统方法非常有限。
单细胞基因组提供了大量样品测序所不能提供的异质性等信息。然而由于细胞生长发育受多种因素调节，仅依靠基因型或者表型信息无法全面、准确地说明问题。因此，开发单细胞基因组转录组共测定技术为研究基因变异与表型变异间的关系提供了强有力的工具。单细胞基因组的三维结构对基因调控与细胞功能非常重要。每个细胞的基因组结构都不一样，然而此前没有方法能测量单个二倍体细胞的基因组结构。
单细胞基因组能在这些三维结构里确定基因突变的位置，还揭示了父本与母本染色质在基因印记与x染色体失活中的结构差异，我们还发现不同类型的血细胞有不同的三维基因组结构，基于结构的细胞分型对于研究细胞功能有重要意义。