人正常组织细胞基因的转录调控是生物基因表达调控层次中z关键的一层, 转录因子(tfs)通过特异性结合调控区域的dna序列来调控基因转录过程。其中, 基础转录因子通过与rna聚合酶在转录起始位点附近的启动子区的相关作用在实现基因的准确转录中起着关键作用; 而调控性转录因子则通过与增强子结合在组织发育、细胞分化等基因表达水平调控中发挥着极其重要的作用。 所以, 理解转录因子与结合位点间的相互作用是准确揭示转录调控机制、构建转录调控网络的关键所在。转录因子及其dna结合位点的鉴定, 以及它们构成的基因转录调控网络的构建已经成为目前生物信息学和系统生物学研究的重点领域, 也是生命科学研究的前沿热点。
1 转录因子调控机理研究的技术发展现状
转录调控及相关网络的搭建是目前分子细胞生物学研究中的一个热点领域, 而研究转录因子与靶基因间的相互作用及识别转录因子结合位点 (transcription factor binding sites, tfbss)是理解转录调控机制的关键。要弄清楚这些转录因子调控基因表达的分子机制, 就必须鉴定出这些转录因子全部的靶基因并构建其操纵的转录调控网络。
1.1 传统研究技术
基因转录过程的激活、抑制和调节主要通过转录因子蛋白与其在基因组序列中对应位置的结合位点之间的交互作用来实现。转录调控因子有序地结合在目标基因不同调控区域中的特殊位点, 启动基因的转录和控制基因的转录效率。这些位点被称为转录因子结合位点(tfbss)。因此, 转录因子结合位点是转录因子结合到靶基因上的一段dna基序, 长度范围从几个碱基到十几个碱基之间。由于同一转录因子往往同时调控若干个基因, 同时不同转录因子通过相互作用也可以协同调控同一靶基因, 转录因子与靶基因之间的相互作用也具有不同程度的特异性和亲和性, 所以不同基因上的结合位点保守性较弱。较短的dna寡片段在规模较大基因组中重复出现的次数很多; 同一转录因子的结合位点又具有一定的可变性, 这给tfbs的识别研究带来了困难, 尽管科研工作者对tfbs研究已有多年, 但大多数转录因子调控靶基因的具体调控模式仍不明朗。
转录因子结合实验(transcription factor assay)、电泳迁移率变动分析(electrophoretic mobility shift assay)、dnase i足印法(dnase i footprinting)、酵母单杂交系统等实验技术是识别转录因子结合位点的传统方法。虽然, 这些技术可以逐一鉴别出与特定转录因子结合的dna序列片段, 但由于它们很难充分反映生理情况下dna与蛋白相互作用的情况, 也很难捕捉到在染色质水平上基因表达调控的动态瞬时事件, 人正常组织细胞加上昂贵的费用及较长的时间花费说明已显然不适合开展后基因组时代dna转录因子结合位点的鉴定。近年, 染色质免疫沉淀技术 (chip)被广泛用于研究体内转录调控因子与靶基因启动子上特异性核苷酸序列的结合, 并已成为研究染色质水平基因表达调控的z标准有效的方法。
200 malt extract broth 用于酸性罐头食品商业无菌检验 麦芽浸膏汤
250 mn2+nutrient agar 用于嗜热需氧芽孢杆菌的检验 锰盐营养琼脂
250 egg yolk agar base 加入卵黄，用于厌氧梭状芽孢杆菌的分离培养 卵黄琼脂基础
100 dried meat particle 加入疱肉基础，配成疱肉培养基 疱肉牛肉粒
250 buffered listeria enrichment broth 用于李氏菌的增菌培养(merck标准) 缓冲李氏菌增菌肉汤基础
1ml*5支 buffered listeria enrichment broth supplement 每支加入225ml缓冲李氏菌增菌肉汤基础中 缓冲李氏菌增菌肉汤基础添加剂
250 palcam agar 用于单增李氏菌选择性分离 palcam 琼脂
1mg/支*10 palcam supplement 添加到hb4188中，用于李氏菌的选择性分离培养 palcam添加剂
人正常组织细胞