净水处理一般常用的膜过滤方式有全量过滤方式和错流方式2种。
全量过滤方式是全量过滤供给水的全量方式，是与一般砂滤相同的方式。与砂过滤一样必须定期地进行清洗。但是错流是向膜面平行流动，这样可以抑制膜供给水中的悬浊物质和胶体在膜里面的堆积。
过滤方式与原水水质、滤膜的材料和分离性能、滤膜组件构造、清洗方法等有很大的关系，因此必须选择适合处理条件的方法。
从成本来看，全量过滤方式不需要错流方式那样的平行流，因此所需动力少。错流方式膜面流速越高在膜面上就越不容易堆积附着物质，从防止膜污染的角度来看，必须实现高膜面流速。但是，膜面流速越高增加运行成本，因此必须全面考虑处理水量和清洗效果的关系，设计经济的膜面流速。