色谱柱到了不可使用的时候应更换，“不可挽救”这个概念在许多色谱工作者的认识上不*相同。有人认为只有当柱的压力增高到系统不可承受的地步才考虑报废，只要压力在可接受的范围内总要设法修补，以延长柱的寿命。另外可以从分析高要求的药品改做分析低要求的样品，从分离多组分的样品改做分离单组分的样品，从分离介质复杂的样品改做分离介质相对简单的样品。实验室常用的延长柱寿命的方法是修补柱头、换烧结不锈钢筛板、冲洗、倒冲柱等。修补柱头和换烧结不锈钢烧筛板常在一起，前面已简单作了叙述。去掉过滤片后发现柱头塌陷或填料被污染，可用无水乙醇调成糊状的同种填料(挖去脏填料）*柱头，用与柱内径相同的、顶端平而光滑的不锈钢棒或聚四氟乙烯棒压紧，再填平，再压紧，反复3次~5次，然后用无水乙醇将柱头四周润湿几次，擦净柱外壁的填料，加上新过滤片，拧紧接头，接上泵冲洗，1小时后再接检测器。如果塌陷很深，或者挖去的脏填料很多，填平柱头后接泵冲洗15min，再拆下柱填平，再接上泵冲洗，反复数次可恢复大部分柱效。有时还应该用比较高的流速才能有效。
修补过的柱一般不能恢复到原先的柱效，刚开始修补次数效果不错，随着修补次数的增多，维持一个短时间又要修补，到了后期，键合相随硅胶的溶蚀而流失，加上化学物质的腐蚀，此时再也无法修补。
对价格高的柱，一定坚持自己动手修补。如排阻色谱柱不随时间而改变保留，仅需比较低的分离条件，稍为修补就可解决问题。
倒冲柱也是经常采用的维护措施，不提倡新柱倒冲柱。色谱柱用到中后期，而且修补过多次后才考虑逆向反冲。可在倒冲柱前填平原柱头的塌陷再冲洗，也可倒向冲洗后再填平柱头（原柱出口）。后者效果好一些。柱逆向使用后柱效损失较大（约40%~60%），常常可以倒过来再倒过去，只要不破坏柱床，效果还不错，倒冲柱前要检查柱两端的烧结过滤片情况，防止烧结过滤片（原柱头）承受过度压力，填料被泵打出。
在采取以上措施时，冲洗过程应伴随始终。
如果使用旧柱管装柱，柱内壁未经再抛光处理，柱壁效应比较大，分辨率降低，峰拖尾。重装柱后卡套易松动，柱头易渗漏。可借助与聚四氟乙烯软膜密封，但不能承受较高的压力。
对有些柱重新处理是值得的，但有些则无价值。除考虑价格外，还要考虑实际工作要求。任何柱都可以修补数次，样品处理好、流动相温和、压力中下可以减少修补柱的次数。柱压升高超过系统所承受的限度就要报废柱。实验室内要备有不同类型的散装填料（c18、硅胶），用同类型、同粒径的填料修补柱头效果好。如果手头没有所要求的填料，也可以用其它填料代替，这比用柱头塌陷的柱要好得多。