液相色谱分析中峰位置的改变是保留时间改变的特殊情况。但是峰位置的变化比色谱图中每个峰的保留时间增加或减少更为严重。因为保留时间的改变，可用改变流动相的强度或改变流速保持原来的水平，如果色谱图中峰位顺序发生变化，或是原先分开的峰又交叉在一起，无论采用什么方法处理都不那么简单。引起峰位顺序的变化可能有以下两种原因。
1柱退化
同一根柱因键合相的组成发生了变化（化学垃圾或键合相损失），导致峰位置的改变。
2柱-柱间的变化
发了峰位置的改变，首先检查分离条件有无差错（流动相、温度、柱等），一旦确认了分离条件是正确的，可能面临更困难的问题，直至需要重新建立色谱方法。
在初建色谱方法时就能预测到峰的位置。通常要系统地改变条件，使所有的组分的峰在色谱图内处于位置。如反相分离电离组分时，可改变溶剂，也可改变ph值或缓冲液浓度，或加改良剂。改变这些条件时可以注意到峰位置的变化。
在试验的过程中要谨慎行事，只要恢复到可接受的峰位就可。特别在多组分的分离中，如氨基酸的分析，要有合适的分离条件使所有的峰都有确定的位置，稍有不慎，某些组分就会分不开。所幸的是只要做一些条件的变化，就可能找到的位置。