一、发生拆迁纠纷如何调解案件
发生拆迁纠纷调解案件的方式是人民法院可以在双方自愿的基础上进行调解，法院调解时要遵循遵循自愿、合法原则。
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。
调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
二、拆迁诉讼时效是多久
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、拆迁纠纷找哪个部门进行经济赔偿？
拆迁纠纷中的被告有两种：
1.拆迁行政管理部门。一般而言，拆迁行政管理部门作出拆迁许可、拆迁决定、拆迁补偿裁决等行政行为的，原告不服提起行政诉讼的，拆迁行政管理部门为被告。
2.人民政府。城市房屋拆迁行政诉讼中，以人民政府为被告的一般是以下几种情形：
（1）由人民政府下属的“拆迁办公室”充当拆迁人同时又作出许可决定和裁决;
（2）由人民政府或者土地管理局成立的临时性组织，如“拆迁指挥部”等充当拆迁人，同时作出许可决定和裁决;
（3）由政府专门成立的土地储备中心充当差遣人由人民政府作出裁决。在城市房屋拆迁行政纠纷时，出现以上三种情形的，人民政府为房屋拆迁行政诉讼的被告。
因此，发生拆迁纠纷的，应找拆迁行政管理部门或者当地人民政府进行经济赔偿。