巴氏杀菌奶因为其新鲜度和不掺加防腐剂等优点，更容易为人们选择和接受。但是巴氏杀菌奶也有缺点，那就是巴氏奶必须冷链运输，这决定了巴氏奶不适合于异地加工，适合于当地产奶，当地加工销售。
中国奶业协会副会长、华中农业大学教授杨利国表示，巴氏奶更适合当地养殖、当地加工、当地生产、当地消费，但无法脱离冷链运输和存储，所以对于销售渠道的要求较高。而常温奶对于物流、存储等的条件相对较低，符合我国国情。另外，由于我国黄金奶源大多分布在高纬度地区，奶源分布不均，巴氏奶不利于储存运输，很难满足南方密集人群的用奶需要，这些客观因素决定了常温奶将成为未来牛奶消费市场的主力军，市场。
巴氏奶的选购要特别注意：盛夏气温飑升，乳品专家提醒：中国巴氏奶产业冷链缺乏，消费者选择巴氏奶要谨慎。
为追求牛奶的新鲜度，很多市民选择送货上门的鲜奶（巴氏杀菌奶），但近日的高温引发了部分市民对订奶在运输过程中缺少冷藏，而可能导致变质的担心。目前市场上液态奶包装主要采用两种方法：超高温瞬间灭菌(uht)和巴氏消毒法，前者是将牛奶超高温灭菌后，用六层复合无菌材料灌装，无需冷藏，保质期长达几个月。后者则是在80°c左右经数菌，需低温冷藏，保质期为1至7天。巴氏奶生产厂家一般是前一天晚上11时到12时发货，到早晨市民7点左右喝奶，中间7至8小时很难保证冷链不断。因此，保质期比标识时间大大缩短。专家建议，购买巴氏奶一定要选正规乳制品企业的产品。上海市奶业协会秘书长顾佳升指出，有些“巴氏奶”企业根本没用真正的巴氏杀菌工艺，而是采用超高温灭菌。这是因为巴氏消毒不能杀灭芽孢，为降低食物中毒的风险和避免食物快速，许多国家强制执行巴氏消毒产品冷藏销售。但在发展中国家冷链常常不完备。为防止牛奶在冷链中脱冷，出现甚至中毒导致消费者索赔，一些巴氏奶企业就用更安全的超高温灭菌技术生产牛奶，更以低价扰乱了整个乳业市场。