短程分子蒸馏仪的分离原理主要是基于分子运动平均自由程的差异。在高真空下操作时，蒸汽分子的平均自由程大于蒸发表面和冷凝表面之间的距离，因此可以利用不同物质分子运动平均自由程的差异来实现分离。
当混合物沿着加热板流动并被加热时，不同物质的分子会从液体表面逸出并进入气相。由于不同物质的分子具有不同的分子量和分子形状，它们的运动平均自由程也会有所不同。因此，在蒸发过程中，较轻的分子会比较重的分子更容易从液体表面逃逸，并且它们的行进距离也会更短。
通过设置适当的冷凝表面，我们可以将较轻的分子冷凝并收集，而较重的分子则不会被冷凝。这样，我们就可以将混合物分离成不同的组分，从而实现分离的目的。
此外，短程分子蒸馏仪还具有一些其他的优点，例如：
1.低温操作：由于短程分子蒸馏仪的操作温度较低，因此可以避免高温对混合物的影响，特别适用于处理热敏性物质。
2.高真空度：短程分子蒸馏仪采用高真空泵，可实现高真空度的稳定操作，从而提高了分离效率和分离纯度。
3.快速分离：短程分子蒸馏仪具有快速分离的优点，可以在很短的时间内完成分离过程，从而提高了生产效率。
4.广泛的应用范围：短程分子蒸馏仪可广泛应用于分离高沸点、高粘度、高浓度的复杂混合物以及易挥发性的混合物，特别适用于医药、化工、材料等领域。
总之，短程分子蒸馏仪的分离原理是基于分子运动平均自由程的差异，通过设置适当的冷凝表面和采用高真空泵等手段实现混合物的分离。