卧式数控镗铣床主轴系统主要有两种结构型式，一种是传统的镗杆伸缩式结构，具有镗深孔及大功率切削的特点；炮塔铣床另一种是现代高速电主轴结构，具有转速高，运行速度快，、高精的优点。
高速电主轴在卧式数控镗铣床上的应用越来越多，除了主轴速度和精度大幅提高外，摇臂钻价格还简化了主轴箱内部结构，zx6350c钻铣床缩短了制造周期，z3050摇臂钻床尤其是能进行高速切削，电主轴转速zui高可大10000r/min以上。不足之处在于功率受到限制，其制造成本较高，尤其是不能进行深孔加工。而镗杆伸缩式结构其速度有限，精度虽不如电主轴结构，摇臂钻厂家但可进行深孔加工，且功率大，可进行满负荷加工，效率高，是电主轴*的。因此，两种结构并存，工艺性能各异，却给用户提供了更多的选择。
数控卧式铣镗床适用于加工大、中型零件和箱形零件的粗、精镗孔，铣削等多种工序的加工。工作台设有4x90?光学定位装置，能满足大形零件调头加工的要求。 数控卧式铣镗床适宜工序较多的箱形零件孔及平面加工，外圆柱面的车削、孔内环形槽切削和利用丝锥攻公英制螺纹等，还具有数控机床所具有的直角坐标系、极坐标系及轮廓加工的工艺机能。由于数控卧式铣镗床具有高刚性和闭环检测系统，能满足粗精加工的要求，所以数控卧式铣镗床为数控、精密通用大型机加工设备。
卧式数控镗铣床的主要关键部件是主轴箱，安装在立柱侧面，炮塔铣床也有少数厂家采用双立柱的热对称结构,将主轴箱置于立柱中间，这种结构zui大特点是刚性、平衡性、散热性能好，为主轴箱高速运行提供了可靠保证。但是，z3050摇臂钻床双立柱结构不便于维护保养，zx6350c钻铣床是当今采用的厂家不多的原因。卧式数控镗铣床主轴箱移动多通过电机驱动滚珠丝杆进行传动，摇臂钻厂家是主轴驱动核心传动装置，多采用静承支承，摇臂钻价格由伺服电机驱动滚珠丝杆进行驱动。由于主轴转速越来越高，主轴升温快，现在，已有很多厂家将采用油雾冷却以替代油冷却，更有效地控制主轴升温，使其精度得到有效保证。