异硫氰酸荧光素是流式细胞术和免疫荧光中常用的有机荧光染料/探针之一。它的特点是最大/峰值吸光度为 495nm，发射波长为 520nm，荧光素与荧光素之间的相互作用导致能量转移和浓缩时的自猝灭。
异硫氰酸荧光素染料标记分子应用：
①电泳分离后的蛋白质检测
②蛋白质和肽的微测序分析
③使用毛细管区带电泳进行分子分析
④生物相互作用中的分子跟踪和检测
⑤细胞和组织切片中的抗原检测
⑥通过标记 dna 片段进行细胞凋亡检测
除了因其在水中的溶解性而易于用于偶联物制备外，异硫氰酸荧光素还具有明亮的荧光由于偶联后的大消光系数和高量子产率，使其成为许多工艺的优选染料。
在流式细胞术和免疫荧光显微术中，染料与各种抗体（一抗或二抗）结合，以检查和研究il-17免疫缺陷和cd63在肾功能中的作用等状态。
作为荧光素的衍生物，异硫氰酸荧光素含有一个异硫氰酸酯反应基团，这有助于其对通常存在于生物分子中的动漫和巯基基团具有反应性。