现在检水多采用微生物培养法,常见所检的细菌有军团菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌。现在,qpcr方法更多的可用于水质检测以及上述微生物的定量检测。
可以采用德国mb公司的水中微生物*(英文名:aquascreen® fast extract)用于从水样中提取微生物dna。该试剂盒遵循iso/ts 12869:2012的设计要求。提取的dna可用于下游的pcr或qpcr检测。
一、适合的样本:
包括饮用水、浴池水、泳池水及废水等。
二、工作原理:
该试剂盒采用0.4μm滤膜截获微生物,然后微生物被加入到滤膜上的离子活性剂和促溶剂裂解。随后进行dna抽提。
dna抽提由四步组成:1. 菌体裂解
2. dna与离心柱的特异结合
3. 祛除残留污染物和抑制剂
4. dna的洗脱
整个过程大约30分钟。
三、产品组成:
四、需用户自己准备的试剂耗材和仪器:
1. 水过滤设备(滤器、真空泵等)
2. 无水乙醇
3. 反应管(1.5ml或2ml)
4. 离心机
5. 恒温仪
6. 移液器及带滤芯吸头(100ml和1000ml)
7. 恒温箱
五、样本制备须知:
1. 饮用水、浴池水、泳池水及废水可作为样本。样本性状会影响结果的可靠性,并需要与iso的水样采集指南一致(iso norm 5667-1至5667-10)。
2. 水样应在2-8°c保存,在采集的2天内检测。不*使用防腐剂,因为会使菌体裂解,而滤膜只能截留完整的菌体。
3. 若水样中有悬浮颗粒或固定挥发性成分,则需先用滤纸过滤。
4. 样本不能离心。
5. 该试剂盒所需样本体积建议为1000ml。样本体积少应为100ml。
6. 该试剂盒不会截获水中游离的dna。
7. 该试剂盒不能区分“活的可培养微生物”与“活的不可培养微生物”。
六、操作注意事项:
该试剂盒只用于科研,并且应仅由经过培训的实验室人员使用。所有样本应视为有潜在危害性,应小心处理。应始终穿上合适的防护fu,戴一次性手套和护目镜。请勿向废弃液体中加漂白剂或酸性溶液。如有液体溅出,请用合适的去污剂和清水处理。废弃物可根据当地法规进行处理。binding buffer(结合液)含异丙醇和聚乙二醇辛基*醚,易燃、有害、有腐蚀性。wash buffer 1(洗液1)含硫氰酸胍,有害、有腐蚀性。七、样本制备步骤:
(一)操作步骤概览
(二)操作步骤详解
步骤1. 样本过滤
1.1 从试剂盒中小心取出滤膜。用水样润湿滤膜。
1.2 将滤膜放置在滤器中,并过滤必要体积的水样。
步骤2. 菌体裂解
* 提前准备:预先将恒温仪设置到70℃,将恒温箱设置到37℃。
2.1将样本过滤后的滤膜翻转放置到试剂盒提供的incubation dish(平皿)中。
2.2 吸取2ml lysis buffer(裂解液),并加到滤膜上。
2.3 将滤膜浸泡在裂解液中,小心摇匀平皿并在37°c孵育30分钟。
2.4 用平皿中的裂解液冲洗滤膜,并摇晃平皿10秒钟。
2.5 将平皿中的400 μl裂解液转移至incubation tube(孵育管),70 °c孵育10分钟。
2.5a可选项:剩余裂解液可再取400μl用于dna抽提,以获得更多的dna样本。
2.6 样本短暂离心,并加入400 μl binding buffer(结合液),立即涡旋充分混匀,以防止dna沉淀。请勿离心样本,并立即进行下一步。
步骤3. dna提取
* 提前准备:(1)wash buffer 1(洗液1)和wash buffer 2(洗液2)第yi次使用前,用无水乙醇复溶(请参见瓶上标签)
(2)将恒温仪设置到70℃,并将elution buffer(洗脱液)放在上面预热。
3.1 将步骤2.6中的混合液(~800 μl)转移到collection tube(收集管)内的spin column(离心柱)中,小心液体不要沾到离心柱的边缘。
3.2 离心柱离心≥10000 × g,1分钟。弃掉收集管中的液体。重新将离心柱插到原有的收集管中。
3.2a 可选择:在步骤2.5a中,多取的一份样本重复以上操作,不用换离心柱。
3.3 离心柱中加入500μl洗液1。离心≥10000×g,1分钟。弃掉收集管中的液体。重新将离心柱插到原有的收集管中。
3.4 离心柱中加入500μl洗液2。离心≥10000×g,1分钟。弃掉收集管中的液体。将离心柱插到一个新的收集管中。
3.5大速度离心3分钟,以去除残留的洗液2。
3.6弃掉收集管。将离心柱插入到试剂盒提供的sample storage tube(样本保存管)中。
3.7吸取60μl已70℃预热的洗脱液,直接加到离心柱的硅胶膜上。硅胶膜表面应全部覆盖洗脱液。
3.8室温静置2分钟,然后离心8000×g,2分钟,以洗脱dna。
3.9样本保存管中的洗脱液即包含dna,可直接用于pcr,或储存在2~8℃,可存放1周。*储存是在≤-18℃。
八、样本中的细菌数量计算
样本中的细菌定量需使用pcr定量标准品和qpcr检测试剂盒(*使用德国mb的pcr定量标准品和aquascreen®qpcr检测试剂盒,详见“九、水中细菌精zhun测定,还需要的相关试剂”)
计算公式:基因组拷贝数/反应 × 比例因子× 校正因子× (1000/样本体积(ml))
= 微生物数量/升
注:
1. 样本中的基因组拷贝数:可通过标准曲线定量
2. 比例因子:取1份400ml裂解液,比例因子=5
取2份400ml裂解液,比例因子=2.5
取3份400ml裂解液,比例因子=1.67
3. 校正因子:60ml洗脱液中取10ml用于qpcr反应,校正因子=6
九、水中细菌精zhun测定,还需要的相关试剂:
总之,传统水质检查需要2-3天,qpcr法只需要2-3个小时,提取dna只需要大约半个小时,更精zhun,更快捷。以上信息供参考,感谢缔一生物提供相关内容。