荧光染料是指吸收一定波长的光波并发射出比所吸收的光波长更大的另一种光波的物质。它们大多是含有苯环或具有共轭双键的杂环的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料。
荧光标记是将荧光染料（荧光团或荧光素）选择性共价结合或物理吸附在待研究分子（蛋白质、多肽等）的某一基团上的方法。利用其荧光特性提供有关所研究物体的信息。
研究应用：荧光染料由于灵敏度高、操作方便，已逐渐取代放射性同位素作为检测标记物，广泛应用于荧光免疫学、荧光探针、细胞染色等领域。包括特异性dna染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。许多其他核酸染料是多色染色系统中有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核，使细胞内结构的空间关系一目了然。
免疫分析荧光标记单克隆抗体技术为流式细胞术在细胞膜及细胞内各种功能抗原、肿瘤基因蛋白等领域的研究拓展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂与单克隆抗体共价结合。免疫荧光标记常用的染料是异硫氰酸荧光素 (fitc)、藻红蛋白 (pe) 和 alexafluor 系列染料。
核酸扩增检测核酸荧光染料对细胞核进行染色，定量测定细胞发出的荧光强度，从而可以测定细胞核中dna和rna的含量，分析细胞周期和细胞增殖情况。有多种荧光染料可以对细胞中的 dna 或 rna 进行染色。常用的dna染料有碘化丙啶（pi）、dapi、hoechst 33342等，rna染料有噻唑橙、吖啶橙等。
染料介绍：apdye fluor 647（alexa fluor 647 等效物；af647）是一种明亮的绿色荧光染料，适合与 633、650 nm 氩激光配合使用。该染料是水溶性的，并且在 ph 4 至 ph 10 范围内对 ph 值不敏感。该染料具有 4 个磺酸盐基团，使其水溶性高，在水溶液中聚集较少。 apdye fluor 647 用于蛋白质和抗体标记，或高标记密度的核酸应用。您可能对alexa 647 nhs 酯感兴趣，点击了解更多信息。
apdye fluor 647 在结构上与 alexa fluor 647 相似，并且光谱与 cy5 dye、alexa fluor 647、cf 647 dye 或任何其他基于 cyanine5 的荧光染料几乎相同。