1 材料
mastercyclerpcr 仪 ( 德 国 eppendorf公司) ; powerpac3000 电 泳 仪 ( 美 国 bio-rad 公司) ; iontorrent 高通量测序平台、pico-21 台式离心机 ( 美国 thermo fisher 公司) ; gl-88b 漩涡混合器 ( 海门其林贝尔仪器制造有限公司) 。采用 ctab 法分别提取酒曲与酒糟中微生物基因组 dna。具体步骤为样品预处理,ctab 法 提 取 缓 冲 液,采 用 tris酚、氯仿、异戊醇抽提,异丙醇沉淀,70%乙醇洗涤,dna 溶解及 rna 酶酶解等。再用 1%琼脂糖凝胶电泳检测 dna 纯度和浓度,-20 ℃保存备用。利 用 引 物( 341f、806r) 和 引 物 ( its1f、its2r) 分 别 对细菌 16s rdna 的 v3-v4 区和真菌内源转录间隔its1 区进行 pcr 扩增,产物使用 2%琼脂糖凝胶进行电泳检测回收,并用 genejet 胶回收试剂盒纯化,利用单端测序的方法,构建小片段文库,构建好的文库经过 qubit 定量和文库检测合格后,再采用 ions5tm xl 测序平台进行上机测序 ( 北京诺禾致源科技股份有限公司) 。
2 方法与结果
另有未 得 到 分 类 学 注 释 的 菌 群 丰 度 值 为8%,其他真菌菌门丰度值小于 1%。相对于酒曲,酒糟中细菌在门分类水平上还包括相对丰度值较大的放线菌门和蓝细菌门,并有未得到分类学注释的菌群; 而真菌群中两者在门分类水平上种 类 差 异 较 小,但各菌门的相对丰度值差异较大。由于高通量测序技术分析酒曲与酒糟检测出大量微生物,多数菌群相对丰度值较低,为方便直观查看,拟选择在属水平上的优势菌属 ( 丰度≥1. 0%) 进行统计,其他 菌 门 ( 丰 度 < 1. 0%) 同 样 归 纳 为 其 他( others)。也可能是宜宾地区酒曲*的微生物体系,这与当地的制曲地域性特色密切相关。而对于酒曲和酒糟间存在微生物体系的较大差异性,则可能与厂家发酵生产白酒的环境 ( 原料、用水、空气、窖池等) 及样品的加工与储存环境相关。
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