培养室、无菌室、接种箱等主要用紫外线或薰蒸灭菌。紫外线灯只需开灯20分钟即可达到灭菌效果；薰蒸常将甲醛和高锰酸钾混合，产生大量蒸气灭菌。器具灭菌可用灭菌锅高温高压灭菌或烘箱高温灭菌，也可以用化学药剂，如70%—75%。酒精、5%—10%漂白粉等。对于液体与流动的空气一般用过滤方法除菌，亦即用孔径小于0.45um的微孔滤器装置，如培养液、酶液等就用此除菌。培养基灭菌一般用高压锅，原材料消毒则多用化学药剂。洗涤器皿可以用碱性洗涤剂，如肥皂、洗衣粉等，洗刷干净后倒置晾干即可；如果器皿较脏，可先配制洗液，用来浸泡酸洗。