我在windows server 2003虚拟机上安装mysql5.5（社区版）。这个虚拟机之前被别人安装过mysql5.5和mysql5.0，但是忘了root密码，所以重装。不出意外的遇到了配置mysql instance时mysqlinstanceconfig.exe没有响应的问题。（我记得以前遇到这个问题，就果断换了mysql5.0，绕开却并未解决）
试了很多方法，有说需要以administrator身份运行（据说win7上安装会是这个问题，而我用的是windows server 2003，本来登录的用户就是administrator），有说要把安装目录和注册表删除干净的，但都没有成功。
最后查看c:/program files/mysql/mysql server 5.5/my.ini，找到
basedir=c:/program files/mysql/mysql server 5.5/
datadir=c:/documents and settings/all users/application data/mysql/mysql server 5.5/data/
发现datadir所在的目录的确没有删除干净，于是删除整个目录c:/documents and settings/all users/application data/mysql/，卸载并重新安装，终于成功。
结论：
1、mysql5.5在安装过mysql的windows上的确是出现mysqlinstanceconfig.exe没有响应的问题，mysql5.0不会。
2、出现该问题的原因的确是上个mysql实例卸载时没有卸载干净导致的，但清理垃圾最关键的不是注册表而是mysql datadir。