蛋白质是生命活动的执行者，细胞内的生理变化都是通过蛋白质来实现的。但是生命活动中各项功能和行为不是由单一的蛋白质来完成的，需要蛋白质与蛋白质，蛋白质与核酸之间的相互作用来实现的。蛋白-蛋白互作网络与转录调控网络对调控细胞及其信号有重要意义。于是对于蛋白之间相互作用的研究也变的很重要，关于研究方法也是层出不穷。
一、原理：
酵母双杂交系统由fields和song等首先在研究真核基因转录调控中建立的。酵母的半乳糖苷酶基因的转录激活因子gl4有两个独立的结构域 ：n末端的dna结合域（bd）和c末端的转录激活域（ad）。bd与dna分子结合，ad激活下游基因的转录，只有两者在空间上充分接近才能激活下游基因的转录。于是将要研究的两个蛋白分别与bd和ad融合，如果两个蛋白有相互作用则ad和bd在空间上会接近进而激活下游报告基因的转录。
二、操作步骤：
（1）首先构建已知蛋白的cdna序列为诱饵，与dna结合域融合
（2）将待筛选的蛋白的cdna序列与转录激活域融合，构建成文库质粒
（3）将这两个质粒共转化到酵母细胞中
（4）通过检测下游报告基因的表达筛选或确认蛋白相互作用。
三、优缺点：
优点：是可以在文库中可以高通量筛选与目的蛋白相互作用的蛋白。
缺点：是假阳性多，还需要其他方法相互印证，不适用于所有的蛋白。