手动三坐标测量仪相对自动模式要有一定的误差，其主要原因有以下：
1 测量机在测量点的时候，通过测量机光栅记录的点坐标是测针宝石球中心的坐标，而我们需要测量的点坐标是宝石球与工件接触点的坐标，这两者相差一个宝石球的半径，由前者经计算得到后者的过程，我们称之为测头半径修正（或测头补偿），是由测量机软件来实现的。
2 测量机软件进行测头半径修正的一个必要条件是要知道被测点的法向方向，在cnc测量（即自动测量）时，其法向方向是由程序给出的；而手动测量时只能根据测量的触测方向或后退方向，来判断其法向方向来进行测头半径修正。
3 在沿轴向方向测量点时，操纵杆比较容易掌握，法向方向比较容易判断而且比较准确；但是与轴向有一定角度尤其是空间点的测量时，由于操纵杆操作的协调性问题使测量和后退的方向不能是法向方向。因此当方向差的比较多时就会出现测头半径补偿方向错误的情况，即出现极大误差。这对于操作测量机时间不多的操作人员来说是可能经常出现的。
4 所有测量软件中对于测量点的测头半径修正都是沿机器或零件坐标系的轴向方向进行的，其原因就是因为点的方向矢量无法准确确定。
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