自动化微装配中存在的问题主要表现在以下几个方面：
1、抓取力引起的损伤 由于接触面积非常小，作用在抓取对象上的微小的力就可能产生很大的压强，以至于损伤敏感零件的表面。尤其是当采用抓钳式工具抓取高敏感零件时极易出现此类问题。
2、传送过程障碍 微装配技术的一个要点是：操作器本身的体积要尽可能的小，结构要尽可能的紧凑。
3、较高的定位精度 对于微装配，定位精度的要求低于微米。实时图像反馈、高精度的传感器必须被用来补偿定位误差。
4、要求洁净的空间 由于装配环境对于零件的表面特性、零件之间的装配关系都有直接的影响，为了保证微装配的精度，对环境要求比较严格。
5、微小零件的表面效应 微装配中一个大问题是：由于体积效应和表面效应，微小零件表现出与普通尺寸零件不同的特性，微机械手释放零件时遇到了困难。