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内切酶的特性、酶解与琼脂糖凝胶电泳

限制性核酸内切酶:是一类能识别双链dna分子特异性核酸序列的dna水解酶。是体外剪切基因片段的重要工具,所以常常与核酸聚合酶、连接酶以及末端修饰酶等一起称为工具酶。
琼脂糖凝胶电泳:是利用琼脂糖溶化再凝固后能形成带有一定孔隙的固体基质的特性,其密度取决于琼脂糖的浓度。在电场的作用下及中性ph的缓冲条件下带负电的核酸分子就可以向阳极迁移。琼脂糖凝的浓度影响给定大小的线状dna的迁移率,因此采用不同浓度的凝胶可以分离不同大小范围的dna*段。
eb:即3,8-二氨基-5-乙基-6-苯基菲锭溴盐,(ethidium bromide)。它能够插入dna分子中的碱基对之间而与dna结合。由于eb分子的插入,在紫外光的照射下,凝胶电泳中的dna条带呈现出红色荧光,易于检测。可以检测10ng 的dna。
质粒pcmv-myc-t10 neb 标准分子量片段(1kb dna ladder)ecor1 和xho1 核酸内切酶(takara)ecor 1和xho 1酶解缓冲液(10×h buffer)琼脂糖tbe或tae缓冲液(10×)溴化乙啶染色液(10mg/ml)上样液(6×):0.25% 溴酚兰,40%(w/v)蔗糖水溶液或30%的甘油。电泳仪,电泳槽,紫外透射仪,凝胶成像仪,一次性塑料手套等.
琼脂糖凝胶的制备:称取0.8g琼脂糖,置于三角瓶中,加入100ml tbe或tae工作液,瓶口倒扣一个小烧杯等,将该三角瓶置于微波炉加直至琼脂溶解。
胶板的制备:取有机玻璃内槽,洗净、晾干;取纸胶条(宽约1cm),将有机玻璃内槽置于一水平位置模具上,放好梳子。将冷却至65℃左右的琼脂糖凝胶液,小心地倒在有机玻璃内槽上,控制灌胶速度和量,使胶液缓慢地展开,直到在整个有机玻璃板表面形成均匀的胶层。室温下静置30min左右,待凝固*后,轻轻拔出梳子,在胶板上即形成相互隔开的上样孔。制好胶后将铺胶的有机玻璃内槽放在含有0.5-1×tae(tris-乙酸)或tbe(tris-硼酸)工作液的电泳槽中使用。
加样:用微量加样器将上述样品分别加入胶板的样品孔内。每加完一个样品,换一个加样头。加样时应防止碰坏样品孔周围的凝胶面以及穿透凝胶底部,本实验样品孔容量约15~20μl。1 kb dna ladder(共10条带): 在*个上样孔或zui后一个上样孔内加入6μl 的1 kb dna ladder(50ng/μl )。
电泳(带上手套操作):
1.加完样后的凝胶板即可通电进行电泳;
2.建议在80~100v的电压下电泳;
3.当溴酚兰移动到距离胶板下沿约1cm处停止电泳;
4.将凝胶放入溴化乙啶(eb〕工作液(0.5μg/ml左右)中染色约20min。
为了获得电泳分离dna*段的zui大分辨率,电场强度不应高于5v/cm(两电极间的距离)。电泳温度视需要而定,对大分子的分离,以低温较好,也可在室温下进行。在琼脂糖凝胶浓度低于0.5%时,由于胶太稀,在4℃进行电泳以增加凝胶硬度。
观察与拍照:在紫外灯(310nm波长)下观察染色后的凝胶。dna存在处显示出红色的荧光条带。紫外光激发30s左右,肉眼可观察到清晰的条带。在紫外灯下观察时,应戴上防护眼镜或有机玻璃防护面罩,避免眼睛遭受强紫外光损伤。拍照电泳图谱时,可采用快速凝胶成象系统。
对于未进行酶切的质粒来说,常会出现两条电泳带,一条是(松弛)螺旋状质粒dna带,另一条是超螺旋状质粒dna的带,以超螺旋状质粒dna居多,移动速度也zui快。有时还会出现三条带,其中一条是因为有一些质粒dna在提取过程中遭到损伤而线性化,其移动速度介于螺旋状和超螺旋状质粒dna之间,所以该条电泳带也位于上述两种带之间。如果提取的质粒很好时,这条带会很弱,有时看不到。
本实验所用质粒pcmv-myc-t10经ecor1单酶切后应为5.7kb;用ecor1和xho1双酶切后应产生两条dna*段,一条是3.8kb,另一条是1.9kb
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