用反义rna分子来调节基因表达时，经常会遇到的困难是反应模板的稳定性差。因此，人们正在探索如何改进反义基因的新方法，目前主要有：
（1）优化反义rna的结合。反义rna链的长度对抑制基因的效果是重要的。双螺旋形成过程中将释放能量，rna链越长，释放的自由能越多。从这一意义来讲，可以说长rna作为反义rna更有效。但是，并没有关于反义rna长度的一般规则。 nellen和lichtentein曾指出，有关反义rna技术的一个普遍问题是，怎样使反义rna更有效，即怎么样使一个互补的rna成为有效的反义 rna。在植物中覆盖整个cdna的反义rna有效地抑制了基因表达。但是，与5¹或3¹端部分mrna互补的反义rna效果同样好。zui小的反义rna只有41个核苷酸。
反义rna的二级结构对双螺旋的形成至关重要。因为形成双链结构必须克服正义和反义rna本身的二级结构，比潜在自由能的量更重要的是形成双螺旋的作用能量，也就是说，双螺旋构象是由动力学控制的，而不是由释放的自由能的量控制的。原核生物中自然发生的rna可以很好的说明rna结构与形成双螺旋构象的速度之间的复杂关系。simons和kleckner指出，许多非常有效的反义rna 通常较短（约70个核苷酸），含有一个典型的茎环结构。例如大肠杆菌r1质粒的拷贝数受反义 rna cop a的控制。nordstroem和合作者详细研究了这一系统，其正义和反义rna由同一dna编码，但以相反方向转录。因此，点突变一点也不能改变这两种 rna的互补性，但是当同时改变正义和反义rna环区时，虽然两条rna链*互补，但结合率下降了三至四倍。与此同时，质粒拷贝数却增加了。很显然，结合率受正义和反义rna二级结构的影响。两条rna链形成双螺旋的初始“吻合”结构非常重要。
毫无疑问，内源的正义rna不能被改变，但反义rna的靶结合区及反义rna的长度是可以改变的。这将影响反义rna的二级结构，从而改变其结合能力，使其与靶rna结合更有效。rittner等令人信服地证明了反义rna的长度与它的结合率之间的复杂关系。他们用一个5¹端长度固定的人免疫缺陷型i型病毒（hiv-i）的反义rna，改变其3¹端，从而改变了rna长度。然后选择能够快速结合的反义rna，发现结合率长度之间的关系依长度和相应二级结构的不同而摆动。3¹端只有几个核苷酸不同的反义rna结合率变化可达上百倍。这与反义rna 的二级结构的改变有关。而且，体外的结合率与体内抑制hiv-i增值的有效性一致。这些结果也证明了在体内应用反义rna抑制靶基因之前，在离体条件下实验的重要性。
在优化反义rna的实际长度以前，也可以用计算机辅助分析靶rna，以寻找有效的靶rna序列，通过设置一个50~400核苷酸的窗口，sczakiel等设计了基因组和非基因组hiv rna的能量。这些能量反映了区域折叠能力。观察到高△g值（低自由能）区域与抑制hiv复制的zui有效区相对应。
（2）延长反义rna的半衰期。原核生物中自然发生的反义rna极其稳定，可能是由于它们特殊的茎环结构保护它们免受核酸外切酶的降解。据报道，通过控制插入序列is10的rna-out，能在体内稳定存在70 min，达三代之久。在反义rna的末端加上这些保护性的茎环结构，可以减少核酸外切酶的降解。heinrich等应用了这一方法。zui近，bourque 和folk报道，一个变相方法是把反义rna与trna连接，用一个依赖于dna的rna聚合酶iii特异启动子来表达。
（3）在细胞质中表达反义rna。另一个能够获得高水平表达的反义rna的方法是在一个游离的复制系统中表达反义基因。这种系统不同于转基因于细胞核内染色体上。已有几个应用植物rna病毒作为载体的系统，在细胞质中表达反义rna。joshi等用萤火虫萤光素酶基因代替了大麦条斑病毒（bsmv）rna β的开放读码框b，并且在转染烟草和玉米原生质体时表达；donson等用一个以tmv为基础的载体来产生细菌*磷酸转移酶（npt ii）。chapman等应用马铃薯病毒x（pvx）为载体，表达了β-葡萄糖苷酸酶（gus）。dolja等把gus插入到烟草蚀刻病毒（tev）的多聚蛋白中，得到了表达。因此，在这样的系统中表达反义rna是*可行的。刘博林等借助于chapman等的pvx载体表达系统，在野生烟草（n. clevelandii）细胞质中成功表达了对应于plum pox virus（ppv）的反义rna和酶性rna。这为在细胞质中抑制rna病毒的复制研究奠定了良好的基础。
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