除换刀程序外，加工中心的编程方法和普通数控铣床相同。不同的数控机床，其换刀程序是不同的，通常选刀和换刀分开进行，换刀动作必须在主轴停转条件下进行。换刀完毕启动主轴后，方可执行下面程序段的加工动作，选刀动作可与机床的加工动作重合起来，即利用切削时间进行选刀，因此，换刀m06指令必须安排在用新刀具进行加工的程序段之前，而下一个选刀指令txx常紧接安排在这次换刀指令之后。
多数加工中心都规定了“换刀点”位置，即定距换刀，主轴只有走到这个位置，机械手才能执行换刀动作。一般立式加工中心规定换刀点的位置在z0处（即机床z轴零点），当控制机接到选刀t指令后，自动选刀，被选中的刀具处于刀库zui下方；接到换刀m06指令后，机械手执行换刀动作。因此换刀程序可采用两种方法设计。
方法一：n010 g00 z0 t02；
n011 m06；
返回z轴换刀点的同时，刀库将t02号刀具选出，然后进行刀具交换，换到主轴上的刀具为t02，若z轴回零时间小于t功能执行时间（即选刀时间），则m06指令等刀库将t02号刀具转到zui下方位置后才能执行。因此这种方法占用机动时间较长。
方法二：n010 g01 z…t02
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n017 g00 z0 m06
n018 g01 z…t03
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n017程序段换上n010程序段选出的t02号刀具；在换刀后，紧接着选出下次要用的t03号刀具，在n010程序段和n018程序段执行选刀时，不占用机动时间，所以这种方式较好。