一、工程保证金有时效限制吗
工程保证金有时效限制的。适用3年的诉讼时效，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、工程合同无效保证金要退还吗
工程合同无效保证金要退还的。友情提示您，按照相关法律的规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
也就是说，建筑工程合同无效，发包人应该将工程质量保证金退还给承包人，如发包人有过错的，还需要赔偿承包人的损失。
《民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失;各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
三、工程要交多少保证金
工程要交多少保证金由订立合同的双方当事人约定。保证金是为了保证履行某种义务而缴纳的一定数量的金额，具体应该履行的义务会详细的写在双方签订的合同中。但不得高于工程价款结算总额的3％。缴存企业在同一省级行政区域内有多个在建工程项目，或单个工程项目合同造价较高的，应适当降低缴存比例或设置缴存金额上限。其中，在同一工资保证金属地管辖区域（设区的市），缴存金额上限原则上不得超过500万元。对同一工程建设项目，工资保证金监管部门不得要求企业重复缴存工资保证金。