实时荧光定量pcr仪由荧光定量系统和计算机组成，可用来监测循环过程的荧光，与实时设备相连的计算机收集荧光数据。
实时荧光定量pcr仪可用于病原体检测、产前诊断、药物疗效考核、肿瘤基因检测等医疗领域。
1、病原体检测
目前，采用荧光定量pcr检测技术可以对淋球菌、沙眼衣原体、解脲支原体、人类乳头瘤病毒、单纯疱疹病毒、人类免疫缺陷病毒、肝炎病毒、流感病毒、结核分枝杆菌、eb病毒和巨细胞病毒等病原体进行定量测定。与传统的检测方法相比具有灵敏度高、取样少、快速简便等优点。
如：结核菌基因诊断的意义主要表现在：区分tb与其它分枝杆菌；检测tb耐药基因；提高tb的阳性检出率。
2、产前诊断
到目前为止，人们对遗传性物质改变引起的遗传性疾病还无法治疗，只能通过产前监测，减少病婴出生，以防止各类遗传性疾病的发生，如为减少x连锁遗传病患儿的出生，从孕妇的外周血中分离胎儿dna，用实时荧光定量pcr检测其y性别决定区基因是一种无创伤性的方法，易为孕妇所接受。
3、药物疗效考核
对乙型肝炎病毒(hbv)、丙型肝炎病毒(hcv) 定量分析显示：病毒量与某些药物的疗效关系。hcv高水平表达，干扰素治疗作用不敏感，而hcv低滴度，干扰素作用敏感；在治疗过程中，hbv-dna的血清含量曾有下降，随后若再度上升或超出以前水平，则提示病毒发生变异。如pcr技术在hbv检测中的应用及意义：了解乙肝病毒在体内存在的数量；是否复制；是否传染，传染性有多强；是否有必要服药；肝功能异常改变是否由病毒引起；判断病人是适合用哪类抗病毒的药物；判断药物治疗的疗效。
4、肿瘤基因检测
尽管肿瘤发病的机理尚未清楚，但相关基因发生突变是致癌性转变的根本原因已被广泛接受。癌基因的表达增加和突变，在许多肿瘤早期就可以出现。实时荧光定量pcr不但能有效地检测到基因的突变，而且可以准确检测癌基因的表达量。目前用此方法进行过端粒酶htert基因、慢性粒细胞性白血病wt1基因、肿瘤er基因、前列腺癌psm基因、肿瘤相关的病毒基因等多种基因的表达检测。随着与肿瘤相关的新基因的不断发现，荧光定量pcr技术将会在肿瘤的研究中发挥更大的作用。