防治苹果树腐烂病，必须加强栽培管理，增强树体抗病能力；及时刮治病斑，进行药剂防治；搞好清园，减少病源。只有四季综合措施，才能收到良好效果。
春季：果树发芽前，对精细刮治过的腐烂病斑和两三年生枝未愈合剪口、枝杈处，涂清园专用型杀菌剂（如康健等），药干后再涂愈合剂或封剪油等。这样既能防止病发，又能促使伤口早愈。然后全树喷洒杀菌剂（如康健等），着重喷3米以上大枝。春防是防治腐烂病很关键的一次。
夏季 ：发病较重或与重病园相邻的果园，用和春季喷涂相同的药液涂刷主枝、主干和大枝中下部（特别是枝杈、伤口处）1至2次。
秋季 ：对全园逐株检查各大枝隐藏部位、伤口、枝杈处，发现病烂立即刮治或剪除，刮治过的伤口涂杀菌剂1至2次，然后涂愈合剂保护。
冬季：结合冬剪，搞好清园工作，清除死树、枯枝，挖除干桩枯橛，刮除枝干老翘皮和病皮。将病枝、病皮集中清出果园，及时烧掉，以降低病菌密度。全树喷1次杀菌剂（如康健等）。对剪口应先涂1次药液，晾干后再用愈合剂保护。
为了防止人为造成的病菌传播，要求专剪专用，一园至少两把剪刀，剪过病枝的剪刀不剪好枝，并立即消毒，做到剪、锯等工具用一次消毒一次。病树在刮治、药治的同时，要加强肥水管理，增施有机肥，少用氮肥，以增加树体抗病能力。