核酸荧光染料对细胞核进行染色，定量测定细胞的荧光强度，从而可以测定细胞核中dna和rna的含量，分析细胞周期和细胞增殖情况。有多种荧光染料可以对细胞中的 dna 或 rna 进行染色。常用的dna染料有碘化丙啶（pi）、dapi、hoechst 33342等，rna染料有噻唑橙、吖啶橙等。
1.荧光染料pi（碘化丙啶）荧光染料pi（碘化丙啶）是一种可以对dna进行染色的核染色试剂。它常用于细胞凋亡检测。英文全称是propidium iodide。它是一种溴化乙锭类似物，嵌入双链 dna 后会发出红色荧光。虽然 pi 不能穿过活细胞膜，但它可以穿过受损的细胞膜并对细胞核进行染色。 pi 通常与 calcein-am 或 fda 等荧光探针一起使用，以同时对活细胞和死细胞进行染色。 pi-dna复合物的激发波长和发射波长分别为535 nm和615 nm。
2. eb（溴化乙锭）溴化乙锭是一种高度敏感的嵌入荧光染料，是一种强致癌诱变剂，但价格便宜。它与 dna 的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，每 2.5 个碱基插入大约 1 个溴化乙锭分子。 eb 的这一特性使其成为常用于琼脂糖凝胶电泳中核酸染色的核酸染料。溴化乙锭在紫外区的302nm和366nm处有吸收峰。在紫外光照射下，溴化乙锭可激发出橙红色荧光（590nm）。与 dna 结合的溴化乙锭复合物发出的荧光比不结合 dna 的染料强 20-30 倍，因此溴化乙锭可以检测小至 10 ng 的 dna 带，并且非常灵敏。
3. 凝胶绿和凝胶红biotium公司研发推出的eb替代染料，具有与eb相似的染色效果，且在紫外光照射下不易淬灭，因此可用于胶水回收。但价格较贵。
gelred和gelgreen是两种优秀的荧光核酸凝胶染色试剂，兼具高灵敏度、低毒性和超稳定性。其水溶性染料已通过美国epa安全认证，废物可直接倒入下水道，不会造成任何环境污染。
其特点是：1）灵敏度高：gelred和gelgreen是市场上灵敏度最高的凝胶核酸染料之一；2）稳定性佳：可微波炉加热，可常温保存；3）更安全：艾姆斯测试结果表明该染料的致突变性远小于溴化乙锭（eb）；4）适应性广：适用于预制胶和胶后电泳染色；5）染色过程简单：与eb一样，无需担心预制胶和电泳过程中染料降解；电泳后染色过程仅需30分钟，无需脱色或水洗；6) 对dna和rna迁移影响小：对核酸迁移影响比sybr green i?小；7）与标准凝胶成像系统和可见光激发的凝胶观察装置兼容：使用312nm激发的uv凝胶成像系统时，gelred可以替代eb； gelgreen 足以替代凝胶观察装置中的任一 syb 染料。然而，这种染料会使小 dna 片段迁移得更慢（与 eb 相比）。
4. 黄金观 i/iigoldview对于大的dna片段有很好的染色效果，但是对于500bp以下的片段则不太好。另一个致命的弱点是它的荧光团在紫外光下很容易猝灭，通常需要5-10分钟。会消失。 goldview 也不适合胶水回收。 goldview实际上是ao（吖啶橙，剧毒产品），其荧光效果远不如eb，灵敏度差，底色严重，不适合回收，不稳定，在紫外光下诱导突变的能力较差高。
5. sybr green 和 sybr gold稳定性差，毒性大。属于花青素核酸染料。花青素染料并非无毒，只是低毒。电泳等级已修改。改性有以下三种： 1.添加卤素或氰基。 2.插入环状羟基。 3、添加稳定剂。 sybr green i 是一种高灵敏度 dna 荧光染料，适用于各种电泳分析，操作简单：无需脱色或洗涤。至少可以检测到20pg dna，比eb染色高25-100倍。当sybr green i与双链dna结合时，荧光信号将增强800-1000倍。 sybr green i 染色的凝胶样品荧光信号强，背景信号低。 sybr green 和 sybr gold 的稳定性远不如 eb。sybr系列染料还可进入细胞对细胞核中的线粒体和dna进行染色，造成伤害。 sybr green i已被证明在紫外线照射下具有很强的诱变能力，使dna或其他物质发生突变。 （您也可能对。。。有兴趣荧光染料示例和应用）