混合物在气相色谱仪色谱柱内被分离为单个组分。许多类型的色谱柱都可以用来分离混合物。色谱柱的类型选择取决于混合物的性质和其所需获得的信息分析目的。而且所有的色谱柱都基于同样的工作原理。色谱柱对化合物进行分离在一段含有两个试样样品组分即彩色圆点色谱柱的横截面，其既没有填料也没有涂层，而这样的色谱柱只是空柱。未经涂层的色谱柱经过几秒钟后再观察色谱柱内的情况可能果发生了改变。几分钟后由于色谱仪内载气流的带动，试样样品向柱的右端移动。并且由于试样样品区域和周围载气中试样样品浓度的不同而使得试样样品区带展宽。而试样样品组分仍然是混合在一起的。