1.原料不同
六堡茶的原料来源于广西梧州市行政辖区内的中小叶种、苍梧群体种，多采用灌木型中叶种。普洱茶的原料来源于云南省的西双版纳、临沧、普洱等地区，以云南乔木大叶种为主。虽同属黑茶，但是六堡茶生长的独特环境使茶树能够吸收充足的阳光和水分，内含物更加多样化，所以成品茶的内含物与普洱茶不同。
2.制作工艺不同
六堡茶的特色在于双蒸双压技术。也就是渥堆之后先“蒸”后“压”，焗压结束，将茶叶打散，再次进行二次的“蒸”，第二次“蒸”完，部分茶压入特质的竹篓中，进仓自然凉干，然后进行陈化，随品质而定制成成品。另一部分的茶将进行第二次的“压”，焗压结束后，才进入陈化工序。其中，在渥堆环节，二者也有所不同。熟普是在生茶基础上再进行渥堆发酵，而六堡茶则是在制作过程中进行渥堆发酵。
3.感官不同
六堡茶汤亮度好些，红亮清澈，普洱茶则更为红浓深重。口感上六堡茶香气纯陈，但不明显，品后香气才凸显，滋味较多体现甘、醇、爽、滑，槟榔香，普洱茶则是香气高扬，新茶晒青味明显，滋味更多表现醇、厚、甘、鲜、甜。
4.内质不同
熟普和六堡茶在各项含量上存在差异，有些成分熟普含量高，有些则是六堡茶的含量高，这说明加工原料和加工工艺的差异，导致其物质转化量有所不同。
5.六堡独有的窖藏
黑茶类中只有六堡茶的加工工艺有窖藏这个环节，这是独一无二的。窖藏是六堡茶工艺的最后一道关键工序。蒸压后的六堡茶温湿度较高，茶叶内含物质仍然在转化，需要一个适宜的环境进行陈化，阴凉，无异味，温湿度适宜且相对稳定的陈茶窖就是适宜的场所。陈化时间不少于180天。
6.作用的侧重点不同
茶叶的作用是大概是比较类似的，其中六堡和熟普在这方面更相似，但是有一点是两者区别比较大的，六堡有祛湿的作用，而熟普没有。
7.冲泡不同
随着历史的发展，一般黑茶都可以进行茶壶冲泡法，盖碗冲泡法，飘逸杯冲泡法和煮茶法。六堡茶在这些冲泡之上，还有一个独特的方式，可以通过闷泡来提高六堡茶的适口性，让新茶也变得容易入口。