商品房补充协议是不违法的，只要双方协商一致，没有违反法律法规的内容而签订的补充协议，都是具有法律效力的。补充协议是能够修改的，需要写清物业管理的问题、公摊面积的问题、产权办理的时间。
一、商品房补充协议违法吗
商品房补充协议不违法，只要是双方自愿签署的，没有强迫的情况，协议内容符合法律法规，协议就有法律效力。《民法典》规定依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效。附解除条件的合同，自条件成就时失效。当事人为自己的利益不正当地阻止条件成就的，视为条件已成就；不正当地促成条件成就的，视为条件不成就。当事人对合同的效力可以约定附期限。附生效期限的合同，自期限届至时生效。附终止期限的合同，自期限届满时失效。
二、商品房补充协议是否可以修改
商品房买卖合同补充协议可以修改。补充协议的内容包括以下几点：
1.物业管理问题要写清；
2.公摊面积要写清；
3.退房责任；
4.房屋产权的办理时间。
购买房屋之后，购房者需要办理房屋产权证，而有些开发商拖延办理房产证的时间，并且购房合同里没有说多长时间能把产权证办下来，需要在补充协议里约定。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百九十六条 买卖合同的内容一般包括标的物的名称、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、包装方式、检验标准和方法、结算方式、合同使用的文字及其效力等条款。
三、商品房补充协议丢了怎么办
商品房补充协议丢了是需要去联系开发商补办。购房合同一般在开发商、银行、房管局和你个人手里都有一份的，如果你的合同丢了，你最好抓紧时间登报，带着刊登遗失声明的报纸去找开发商，他们会给你补办的。
根据《城市商品房销售管理办法》的规定，商品房预售，开发经营企业应当与购房人签订商品房预售合同，预售人应当在签约之日起30日内到上述两部门办理登记备案手续。如果已办理产权登记，自然也就不必担心因丢失合同和收据所造成的隐患。